Sintesis RNA Sensitif Menggunakan Gugus yang Dapat Dibelah Fluorida sebagai Penghubung dan Pelindung Gugus Amino

Abstrak
Metode kimia yang sesuai untuk sintesis RNA yang mengandung modifikasi seperti N4-asetilsitidina (ac4C) yang tidak stabil di bawah kondisi nukleofilik yang digunakan oleh metode sintesis RNA standar dijelaskan. Metode ini menggunakan gugus 4-((t-butildimetilsilil)oksi)-2-metoksibutanoil (SoM) untuk perlindungan gugus ekso-amino dari nukleobasa dan gugus 4-((t-butildimetilsilil)oksi)-2-((aminofosfaneil)oksi)butanoil (SoA) sebagai penghubung untuk sintesis fase padat. Pembelahan RNA dan deproteksi amino dicapai dengan menggunakan fluorida di bawah kondisi yang sama yang digunakan untuk penghilangan gugus pelindung silil 2′-OH. Dengan menggunakan metode ini, berbagai gugus elektrofilik dan peka basa termasuk gugus yang memainkan peran struktural dan regulasi dalam sistem biologis dan gugus yang dirancang secara artifisial untuk berbagai tujuan diharapkan dapat dimasukkan ke dalam posisi apa pun dari setiap urutan RNA. Sebagai bukti konsep, beberapa RNA yang mengandung modifikasi epitranskriptomik ac4C yang sangat sensitif disintesis dan dimurnikan dengan RP HPLC. Analisis MALDI MS menunjukkan bahwa modifikasi ac4C sepenuhnya stabil dalam kondisi deproteksi fluorida. Metode sintesis RNA sensitif diharapkan mampu mengatasi kendala jangka panjang dalam mengakses berbagai RNA sensitif yang dimodifikasi untuk proyek-proyek di bidang seperti epitranskriptomik, biologi molekuler, dan pengembangan terapi asam nukleat.