Simulasi Protein–Ligand Kompleks
Simulasi protein–ligand kompleks adalah pendekatan komputasional yang digunakan untuk mempelajari interaksi antara protein dan molekul kecil (ligand) pada tingkat atomik. Metode ini membantu ilmuwan memahami bagaimana suatu ligand berikatan, stabilitas kompleks yang terbentuk, serta dinamika perubahan struktur yang terjadi selama proses pengikatan.
Dalam simulasi ini, model tiga dimensi protein dan ligand dianalisis menggunakan algoritma kimia dan fisika, seperti:
-
Docking molekuler, untuk memprediksi posisi, orientasi, dan kekuatan ikatan ligand pada situs aktif protein.
-
Dinamika molekuler (Molecular Dynamics, MD), untuk mensimulasikan gerakan atom dan mengevaluasi stabilitas kompleks dalam kondisi seperti lingkungan biologis nyata.
-
Perhitungan energi bebas pengikatan, untuk menilai afinitas antara ligand dan protein secara lebih akurat.
Simulasi protein–ligand kompleks berperan penting dalam penemuan dan desain obat, memahami mekanisme kerja biomolekul, serta mengidentifikasi kandidat ligand yang paling potensial sebelum diuji secara eksperimental.
